通過高通量測序表明，百香不同連作年限百香果土壤細菌群落中，果连相對豐度大於1%的作对門類有15種(如圖2)，主要優勢種類為變形菌門(Proteobacteria)、土壤酸杆菌門(Acidobacteria)、细菌响放線菌門(Actinobacteria)、群落綠彎菌門(Chloroflexi)、结构浮黴菌門(Planctomycetes)、百香厚壁菌門(Firmicutes)、果连疣薇菌門(Verrucomicrobia)和Candidata division WPS-2，作对約占所有細菌豐度的土壤85%~95%，其中變形菌門、细菌响變形菌門、群落放線菌門和綠彎菌門等4種細菌類群是结构百香果種植土壤中的主要菌群，占所有細菌總數的百香80%以上。
將不同連作年限土壤細菌優勢門類排名前9的細菌及其豐度進行方差分析，比較不同連作年限百香果種植土壤細菌群落組成差異，結果如圖3所示，9個優勢菌門中，除疣微菌門的相對豐度(圖3 g)在不同連作年限土壤中無顯著差異外，其他8個門類菌群的相對豐度在不同年限連作年限土壤間均存在顯著的組間差異，特別是酸杆菌門、綠彎菌門、浮黴菌門、厚壁菌門和擬杆菌門(圖3 b,d,e,f,i)等相對豐度在撂荒地與百香果種植地之間存在顯著的差異，百香果種植可顯著降低土壤中酸杆菌門、浮黴菌門的相對豐度(圖3 b, e)，同時可增加綠彎菌門、厚壁菌門和擬杆菌門(Bacteroidetes)的相對豐度(圖3 d, f, i)，尤其是綠彎菌門隨連作年限的增加而增大的趨勢，厚壁菌門和擬杆菌門在百香果種植的前三年業表現出隨種植年限增加而增大的趨勢。
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