把38個共有靶點導入STRING數據庫，並設置interaction score>0.9，基于机制構建PPI網絡。网络PPI網絡包含35個靶點以及121條邊（圖3A）。药理遥散抑郁利用Cytoscape 3.7.1軟件的学探腺增性消MCODE插件對該網絡進行聚類分析，共得到3個子網絡。讨逍根據得分最高創建核心靶點網絡圖（圖3B）。症乳作用核心靶標網絡（得分8.222）中的生和節點有：IL-6、IL-4、异病同治TNF、基于机制IL-1A、网络ICAM1、药理遥散抑郁CCL2、学探腺增性消CXCL8、讨逍IL-1B、症乳作用IL-10和IFNG。
根據“單味藥-活性成分-共同靶點”相互作用網絡篩選得到的關鍵靶點搜尋到相應的8個關鍵活性成分：槲皮素（MOL000098）、山柰酚（MOL000422）、β-穀固醇（MOL000358）、蘆薈大黃素（MOL000471）、Glyasperins M（MOL000354）、刺芒柄花素（MOL000392）、金合歡素（MOL001689）和柚皮素（M OL004328）。
將上述獲得的逍遙散治療抑鬱症、乳腺增生和功能性消化不良的共同靶點輸入Metascape數據庫進行KEGG通路注釋分析。根據P<0.05對KEGG通路結果進行篩選，共得到17條相關通路，其中包括糖尿病並發症中的AGE-RAGE信號通路 (AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications)、HIF-1信號通路 (HIF-1 signaling pathway)以及癌症通路 (pathways in cancer)等通路（圖4A）。GO富集結果表明，在生物過程（biological process）中，逍遙散對脂多糖(response to lipopolysaccharide)、活性氧代謝 (reactive oxygen species metabolic process)以及細胞因子介導的通路 (cytokine-mediated signaling pathway)等的影響較大；在分子功能（molecular function）層麵上，逍遙散對細胞因子 (cytokine receptor binding)、磷酸酶 (phosphatase binding)以及血紅素(heme binding)等的影響較大；在細胞組分（cellular component）中，逍遙散對膜筏 (membrane raft)、囊泡(vesicle lumen)以及核包膜 (nuclear envelope)的影響較大（圖4B）。
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