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微生物檢測法根據抗生素對微生物的生理機能及代謝的抑製作用來定性或定量確定樣品中的抗微生物藥物殘留。該方法易受組織中其他組分的抗生影響，特異性低，素残靈敏度也不高，检测但操作簡便，微生物检樣品用量少，测法預處理簡單，原创在基層大規模篩選工作中有很大的抗生應用價值。

杯碟法：樣品經處理後注入牛津杯中，素残與含菌液的检测檢定平板貼合。培養後根據抑菌圈的微生物检有無及大小判定結果。采用不同的测法試驗菌種可檢測不同的抗生素。

棉拭法：檢測胴體內可疑抗生素殘留的原创現場試驗方法。從腎髒、抗生肝髒和肌肉采樣，素残通過棉拭周圍有無抑菌圈或其大小判定抗生素的殘留。

紙片法：前最常用的一種方法，具有廣域的靈敏性，用圓濾紙從腎髒或乳取樣，與含有枯草杆菌等細菌的營養瓊脂貼合，培養，通過觀察抑菌圈大小檢查有無抗生素殘留。

TTC法：即氯化三苯基四氮唑法，這是目前我國食品衛生標準中用來檢測牛乳中抗生素殘留的檢測方法。無色為陽性，紅色為陰性。

雙抗體夾心法:雙抗體夾心法是檢測抗原最常用的方法。方法：先將已知抗體吸附在固相載體上，加入待檢抗原，再加入酶標記的已知抗體，反應後形成“抗體-抗原-酶標抗體”複合物，最後加入酶的底物顯色。常用於檢驗各種蛋白質等大分子抗原。適用於分子中具有至少兩個抗原決定簇的多價抗原，而不能用於小分子半抗原的檢測。

競爭法:標本中的抗原(抗體)和一定量的酶標抗原(抗體)競爭與固相抗體(抗原)結合。用已知抗體(抗原)包被，加入待測血清，再加酶標抗原(抗體)，酶標抗原(抗體)與待檢物競爭與包被物結合。加底物顯色。可用於測定抗原和半抗原，也可用於測定抗體。

總結：微生物檢測法，靈敏度低；理化檢測法，GC和HPLC成本高，技術受限；免疫檢測法，靈敏度高，特異性強。