為更好了解冷激蛋白潛在的生物功能，分析其蛋白的品腐空間結構。將水產品腐敗希瓦氏菌冷激蛋白的败希白氨基酸序列提交到PSＩPRED預測其二級結構，結果見圖4。瓦氏典型的菌冷激蛋结构冷激蛋白的二級結構包含5個β折疊，預測得到的分析二級結構與這個結果大致相符，Csp1589和Csp1376二級結構的水产最後一個β折疊出現斷層，這可能是品腐天冬酰胺預測可信度太低所致。
將冷激蛋白的败希白氨基酸序列提交SWＩSS-MODEL網站，根據序列相似性及模型質量分別選取1mjc的瓦氏A鏈、5xv9的菌冷激蛋结构A鏈、3i2z的分析B鏈作為Csp1589、Csp1376和Csp2252的水产模板建模。然後，品腐用PROCHECK和verify3D對所建三級模型進行質量評估。败希白構建的腐敗希瓦氏菌冷激蛋白三級結構都包含5個反向平行的β鏈，其形成了一個桶狀結構，符合冷激蛋白的已知特征。由拉氏構象圖可看出，對於Csp1589蛋白模型，氨基酸處於有利區域、額外允許區域、一般允許區域以及不允許區域的量分別為88.9%，11.1%，0%和0%。對於Csp1376型蛋白模型，對應值分別為92.7%，7.3%，0.0%和0.0%。對於Csp2252型蛋白模型，對應值分別為96.1%，3.9%，0.0%和0.0%，氨基酸全部處於有利區域和額外允許區域，模型質量較好。在Ｖerify3D結果中，對於Csp1589、Csp1376和Csp2252模型，平均分≥0.2的氨基酸的量分別是和100%，89.86%和100%，平均分≥0.2的氨基酸的量達到80%就認為蛋白三級模型是合格的，因此，以verify3D結果來看，這3個模型均具有較好的質量。
利用STRＩNG和COACH網站對腐敗希瓦氏菌冷激蛋白進行分析，得到如圖6所示與其緊密作用的蛋白質和潛在的配體結合位點。對於腐敗希瓦氏菌冷激蛋白Csp1589、Csp1376和Csp2252，STRＩNG分別檢測到5，4，10個與其相互作用的蛋白（圖6）。與冷激蛋白Csp1589存在相互作用的蛋白是組氨酸激酶（ABP76854.1）、甲基轉移酶（ABP75296.1）、DNA聚合酶1（polA）、多功能融合蛋白（trpC）、伴侶蛋白（htpG）。與冷激蛋白Csp1376存在相互作用的蛋白是組氨酸激酶（ABP76854.1）、DNA聚合酶1（polA）、多功能融合蛋白（trpC）、伴侶蛋白（htpG）。與冷激蛋白Csp2252存在相互作用的蛋白是依賴ATP的Clp蛋白酶（ABP75948.1）、依賴ATP的Clp蛋白酶適配蛋白（ClpS）、組氨酸激酶（ABP76854.1）、DNA聚合酶1（polA）、多功能融合蛋白（trpC）、組氨酸磷酸氨基轉移酶（hisC）、磷酸庚糖異構酶（gmhA）、含有CBS結構域的蛋白（ABP76571.1）、氮調控蛋白PtsN（ABP74443.1）、伴侶蛋白（htpG）。其中組氨酸激酶是一個磷酸化組氨酸保守殘基的信號傳導酶家族，參與構成雙組分信號傳導係統。雙組分信號傳導係統可以感應環境變化，應對環境變化引起的負麵效應，研究表明一些雙組分信號轉導係統參與了細菌的低溫適應過程，推測腐敗希瓦氏菌冷激蛋白與細胞對逆境的適應有關。DNA聚合酶是DNA複製的重要酶，冷激蛋白可能與DNA複製有關。冷激蛋白作為一種伴侶蛋白，可能與伴侶蛋白htpG存在競爭關係。從分析結果可推測相較Csp1589和Csp1376，腐敗希瓦氏菌冷激蛋白Csp2252的功能可能更為複雜。在許多重要的生命活動中，蛋白質功能的執行依賴於蛋白質與配體的相互作用，對於蛋白質配體結合位點的預測具有重要的意義。例如：把小分子放到目的蛋白的配體結合位點，優化配體構象和位置，使之和目的蛋白有最佳的結合作用，就有可能發現抑製該蛋白的化合物。對於腐敗希瓦氏菌冷激蛋白Csp1589、Csp1376和Csp2252，其分別預測到2，2，1個可能性較高的配體結合位點（圖6）。
冷激蛋白是解析細菌低溫適應的關鍵蛋白之一。本研究成功擴增了水產品腐敗希瓦氏菌的3個冷激蛋白基因，並對其進行生物信息學分析，獲得蛋白理化性質、結構和功能方麵的相關進展。腐敗希瓦氏菌冷激蛋白均為親水的小分子酸性蛋白質，皆位於細胞質，為非分泌型、非跨膜蛋白，都存在冷激蛋白特有的冷休克結構域，存在DNA結合位點和RNA結合基序（motif），能與單鏈DNA和單鏈RNA結合。腐敗希瓦氏菌冷激蛋白Csp1589和Csp1376與大腸杆菌冷激蛋白CspA親緣關係較近，可能在腐敗希瓦氏菌低溫適應過程中起重要作用。冷激蛋白的二級結構和三級結構均符合冷激蛋白家族的特征，其可靠的三級模型可用於各種對接和藥物靶向研究。通過蛋白互作和配體結合位點的分析，對其功能有更深的了解，為後續驗證冷激蛋白在腐敗希瓦氏菌低溫適應過程中的功能，以及水產品中腐敗希瓦氏菌冷激蛋白抑製劑的篩選奠定基礎。
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