2013版在2000版的基礎上，全麵修正和提出了有害生物防治的农药原則，首次提出了綠色食品有害生物防治的准则展变原則，2020版又在2013版基礎上，化及對具體措施更加具體化和明確化。特点首先，分析綠色食品生產病蟲害防治以生態係統為基礎，绿色在農業生態係統中，食品使用充分考慮“病三角”和“蟲三角”的农药相互關係，保持和優化生態係統。准则展变在綜合防治方法上，化及優先采用農業防治、特点物理防治和生物防治等與環境相融和回歸農業本源的分析基礎措施；農業防治是最基礎的、也是绿色最有效的措施，物理和生物技術是利用有害生物對外界環境和生物種群的內部關係而確定的有效技術，是最實用、最直接的措施；最後才考慮如何使用農藥，且農藥使用的前提是已經充分實施了農業、物理和生物控製措施並確保人員、產品和環境安全的前提下，才允許使用綠色食品允許使用的低風險的化學農藥。從理念上講，由“預防為主，綜合防治”的綜合治理理念升華到“綠色防控，公共植保”的綠色發展理念。
2013版標準首次運用綜合評價方法對國家登記管理農藥進行科學篩選，評價條件依據包括WHO農藥危害性分類、中國農藥毒性分類、國際糧食與農業組織/世界衛生組織（FAO/WHO）農藥殘留專家聯席會議（JMPR）風險評估結果和發達國家登記使用情況等，特別是根據國內人群的膳食暴露風險評估結果，按農藥每日允許攝入量（ADI）的20%進行篩選，評估安全係數提高5倍。2020版標準在延用上述評價條件基礎上，創新提出並納入農藥藥跡指數（農藥對人類健康和生態環境危害性的綜合指標）評價，同時排除對蜂、鳥、魚、蚯蚓有劇毒的農藥品種，此外更加注重生產需要，盡量兼顧各地主要農作物用藥情況。
2020版最顯著的特點是農藥選擇的依據，規定所選用的農藥應符合相關的法律法規，並獲得國家在相應作物上的使用登記或省級農業主管部門的臨時用藥措施。相較2013版，在保證符合國家農藥登記管理規定的前提下，2020版特別強調了登記的作物，因為相同的農藥在不同的作物上的降解速度、殘效時間、殘留量都不相同，因此，從保證農產品質量安全看，強調農藥與作物的關係比強調與病蟲害的關係更加科學和合理。另外針對小宗作物或小宗特色作物，有地域屬性或者區域屬性，現有的登記製度不能全覆蓋的情況，增加了“省級農業主管部門的臨時用藥措施”條款，根據《農藥登記管理辦法》，經農業農村部備案的省級農業主管部門臨時用藥措施，如同時在綠色食品允許使用農藥清單中也可使用，為小宗作物的用藥需求提供了一條路徑。
2013版標準首次借鑒國際先進標準體係的農藥管理模式，建立了綠色食品標準與國家食品安全標準，綠色食品農藥使用準則與綠色食品產品評價標準之間的有效銜接。即綠色食品允許使用的農藥在最終產品中的農藥殘留要符合GB 2763《食品安全國家標準食品中農藥最大殘留限量》的要求。不是綠色食品允許使用的化學農藥種類，最終農藥殘留的默認限量為0.01 mg/kg，與歐盟等發達地區標準中的一律限量標準保持一致。
《綠色食品農藥使用準則》實施後，對農產品安全質量、農業環境保護和綠色產業升級將有巨大的推動和促進作用。首先，隨著食品安全規範管理和逐步升級，對外來化學投入品（農藥）的要求也越來越高，因此，在“減藥減肥”的大環境下，實施具有可操作性和監督作用的生產方式，是落實黨中央綠色發展理念的重要舉措。綠色食品從農藥投入的源頭出發，以“準則”的形式，將“減肥減藥”作為標準化生產方式推進和實施，落實農業農村部提出的“三品一標”的發展模式。其次，隨著農業發展的“安全、環保”理念的推進，為綠色食品產業帶來強勁活力的同時，綠色食品不忘初心，對環境安全更加關注，在評估農藥清單時更增加關注環境效益，逐漸剔除了對環境有傷害、對非靶標生物不利的農藥種類，如菊酯類農藥等，充分體現了安全與環境的協調統一。最後，有利於促進綠色產業的發展，在“品種培優、品質提升、品牌打造和標準化生產”的發展戰略下，綠色食品發展更加朝著綠色化、優質化、特色化和品牌化方向發展，綠色食品產業將成為“三品一標”和農產品“四化”的最可評價、最可控製，最富有經濟、生態和社會效益的產業。
1.持續性的評估和完善。隨著人們安全意識和環保意識的提高，對農藥的安全性評價會越來越廣泛，也會更加全麵。應不斷地適應毒理研究、膳食暴露、職業健康、環境影響和生產需求等多方麵的變化，對現有的農藥準備進行評估並適時調整。在現有的允許使用的清單中，仍然有一些產品存在一定風險，歸納起來主要有3大類，即對環境有風險但生產上用量大的品種，如甲氰菊酯；對非靶標生物有影響的品種，如對蜜蜂，吡蟲啉、噻蟲嗪等；用量大的品種，如抗蚜威等。為了保持和提高準則的合理性，很有必要建立適當的機製來持續修訂和完善允許使用農藥清單。建議每3～5年對附錄A進行一次修訂。
2.農藥清單更符合環境保護的需求。在保證高質量綠色食品的同時，逐步完善和遴選環境友好的藥劑，保護有益昆蟲（授粉昆蟲、水生昆蟲），保護生物多樣性。例如，新煙堿類殺蟲劑主要包括吡蟲啉（imidacloprid）、啶蟲脒（acetamiprid）、噻蟲胺（clothianidin）、噻蟲嗪（thiamethoxam）、噻蟲啉（thiacloprid）、呋蟲胺（dinotefuran）、硝乙脲噻唑（nithiazine）和烯啶蟲胺（nitenpyram）等，種類繁多。新煙堿類殺蟲劑可選擇性地與昆蟲神經係統中的乙酰膽堿受體結合，從而導致昆蟲興奮過度死亡。吡蟲啉、噻蟲胺和噻蟲嗪是新煙堿類殺蟲劑中應用較多的3種殺蟲劑，噻蟲嗪作為新煙堿類殺蟲劑的第二代產品，相比以吡蟲啉為代表的第一代煙堿類產品具有更多優勢，主要表現在對昆蟲乙酰膽堿受體的親和力高於吡蟲啉，具有更高的殺蟲活性；噻蟲嗪在水中溶解度是吡蟲啉的8倍，在幹旱的情況下，噻蟲嗪則明顯優於吡蟲啉；噻蟲嗪的交互抗性水平低；噻蟲嗪具有很強的葉片傳導活性和根部內吸性，藥劑能快速、充分被吸收，當施於土壤或種子上時，很快被根部或剛萌芽的種苗吸收，通過植物體內的木質部向上輸送到植株體各部，在植株體內滯留時間長，降解緩慢，其降解產物噻蟲胺殺蟲活性更高，比吡蟲啉持效期更長。但是在研究新煙堿類農藥對害蟲高效控製的同時，人們也關注了對蜜蜂的影響，主要因為蜜蜂喜歡含新煙堿農藥的花蜜，長期采蜜形成了學習模式，試驗證明，最常用的吡蟲啉、噻蟲嗪和噻蟲胺對蜜蜂毒性較強，而啶蟲脒和噻蟲啉則相對低毒。
3.綠色食品農藥使用清單與農藥殘留檢測項目協調統一。《綠色食品農藥使用準則》中的默認限量規定結合GB 2763的引用，理論上涵蓋了所有的農藥和綠色食品產品組合，因此，不存在無標評判的問題。建立綠色食品產品標準目錄的大類產品允許使用的農藥（與農藥登記一致）與GB 2763的對應檢索列表，作為綠色食品相關產品農藥殘留檢測的依據，逐步實現農藥種類在綠色食品生產實際中的應用與產品安全評價、農藥殘留檢測指標的有機結合，達到與農藥安全使用準則和食品中農藥殘留限量標準相統一的目標。
綠色食品是在優良生態環境中按照綠色食品標準生產，實行全程質量控製並獲得綠色食品標誌使用權的安全、優質食用農產品及相關產品。《綠色食品農藥使用準則》是規範和管理綠色食品生產中的農藥使用行為，保證綠色食品安全、優質、環保、健康的重要綱領性文件。發展綠色食品是解決優質農產品不充分不平衡矛盾的有效途徑，在將來的發展中，綠色食品地位和規模將會成為優質農產品標準化生產的最主要的組成部分，具有廣闊的發展前景，同時對《綠色食品農藥使用準則》的要求也會越來越高。
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