鹽漬辣椒製作過程中常添加15%以上的盐渍食鹽，0.05%～0.1%的辣椒CaCl2及0.05‰～0.1‰的焦亞硫酸鈉，因此該類辣椒保藏時間較長，真菌且能保持較脆的多样辣椒口感，是性分析剁辣椒加工過程中一類原料。鹽漬辣椒的盐渍質量好壞，直接影響中、辣椒低鹽再加工品的真菌質量和安全。近年來，多样鹽漬辣椒的性分析標準化生產，中、盐渍低鹽再加工品的辣椒提質以及鹽漬辣椒的微生物多樣性等逐漸引起從業人員的重視。
現階段微生物多樣性研究報道多集中在環境土壤湖泊等領域，真菌而食品方向以釀酒領域居多，多样發酵蔬菜類以韓國泡菜居多，性分析而發酵辣椒多樣性研究鮮見。454焦磷酸測序技術測序已成熟應用到微生物菌落鑒定中，能有效分析出樣品生態環境中原始微生物的組成及其比重。趙玲豔等研究發現線椒自然發酵過程中的真菌可歸屬到39個屬、56個種，優勢真菌為漢遜酵母屬，米椒自然發酵過程中的真菌可歸屬到60個屬、96個種，優勢真菌為漢遜酵母屬和畢赤酵母屬。
本研究采用454焦磷酸測序技術研究鹽漬辣椒中真菌多樣性，以確定鹽漬辣椒中真菌群落結構及相對豐度。在此基礎上，研究鹽漬辣椒細菌多樣性，分析高鹽醃漬辣椒過程中微生物群落結構及相對豐度的變化，為安全生產醃漬辣椒，保障產品質量，提高風味提供技術參考。
鹽漬米椒（C.annuumL.var.dactylusM）、鹽漬線椒（C.annuumL.var.conoidesＩrish），湖南壇壇香食品科技有限公司。
E.Z.N.A.SoilDNA試劑盒、TransStartFastpfuDNA聚合酶、AxyPrepDNA凝膠回收試劑盒、RocheGSFLXTitaniumemPCR試劑盒、Manual_XLR70試劑盒，美國OmegaBio-Tek公司。
DYY-6C型凝膠電泳儀，北京市六一儀器廠；GeneAmpR9700型PCR儀，美國ABＩ；QuantiFluorTM-ST熒光定量係統，美國Promega；RocheGSFLX測序儀，瑞士Roche。
本研究以鹽漬線椒及鹽漬米椒為對象，選擇色澤、風味較好的樣品，無菌操作取樣帶回實驗室，-80℃冰箱保存。
總酸：參照GB/T12456-2008測定；NaCl：參照GB/T12457-2008測定；水分：直接幹燥法測定；辣椒素：參照GB-T21266-2007測定。
參照OMEGA公司E.Z.N.ASoilDNA試劑盒抽提方法提取DNA。
正反向引物（27F5’-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3’，533R5’-TTACCGCGGCTGCTGGCAC-3’），帶有5’端454測序A、B接頭的特異引物和3’端的融合引物，其中A為測序端，需要加上條碼（barcode），B端引物可以共用。PCR采用20μL反應體係。
PCR產物熒光定量，要求總量＞100ng，要求PCR產物濃度>5ng/μL，OD260/280值在1.8～2.0左右，未降解，根據454RocheGS-FLX測序。
數據采取Qiime軟件去雜，生物信息學分析以去除嵌合體、分類學分析、OTU聚類、比對分析等。計算α多樣性指數後，進行群落結構組分、繪製熱圖（Heatmap）、PCA分析、豐度等級（Rank-Abundance）和多樣性（Shannon-Wiener）曲線繪製等分析。
鹽漬米椒和鹽漬線椒的辣椒素、水分、總酸、食鹽含量的變化見表1。從表1可以看出，鹽漬米椒的辣椒素含量為26120SHU，水分含量為65.10%，總酸含量為0.82%，食鹽含量為14.48%；鹽漬線椒的辣椒素含量為2412SHU，水分含量為73.18%，總酸含量為0.15%，食鹽含量為21.61%。
鹽漬線椒和鹽漬米椒細菌和真菌的稀疏性曲線見圖1。由圖1可以看出，當細菌測序量增加到5000，真菌測序量增加到2000左右時，測序數據達到飽和，試驗設定細菌10000條序列、真菌5000條序列的測序深度是合理的。鹽漬線椒細菌和真菌稀疏性曲線分別比鹽漬米椒細菌和真菌的稀疏性曲線陡、高，鹽漬線椒的細菌和真菌多樣性分別高於鹽漬米椒的細菌和真菌多樣性。
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