秦艽花具有抗氧化作用，秦艽其临其能有效清除DPPH等自由基，花化發揮該作用的学成有效成分主要為秦艽花中含有的黃酮類成分。鄔衛東等采用DPPH自由基清除法評價小秦艽花總黃酮（FGT）的分药抗氧化活性，發現FGT在0.02～0.10 mg·m L-1，理作隨著質量濃度增加其對DPPH自由基的用及用的研究清除率也隨之增加，其清除率高達80%以上，进展並且FGT(IC50=0.039 mg·m L-1）對DPPH自由基的秦艽其临清除能力強於陽性對照2,6-二叔丁基對甲酚（BHT)(IC50=0.045 mg·m L-1），表明小秦艽花總黃酮具有明顯的花化DPPH自由基清除作用，且具有明顯的学成量效關係。同時研究表明秦艽花中含有的分药黃酮類成分異葒草苷、7-O-feruloylorientin等對DPPH自由基具有較好的理作清除作用，槲皮素、用及用的研究芹菜素等成分對羥自由基也具有明顯的进展清除作用。此外，秦艽其临小秦艽花乙酸乙酯部位和正丁醇部位也被報道具有較強的清除DPPH自由基和羥基自由基的能力。
秦艽花具有顯著的潤腸通便作用。賈娜等采用不同劑量的大葉秦艽花醇提物幹預複方地芬諾酯致小鼠便秘模型，結果顯示其大（12.0 g·kg-1）、中（6.0 g·kg-1）、小（3.0 g·kg-1）劑量組均能顯著縮短模型小鼠首粒黑便的排出時間，並使大便性狀變稀；提高便秘模型小鼠的墨汁推進率，其推進率高達86.1%，並明顯增加小腸水分，表明秦艽花可顯著改善地芬諾酯引起的小鼠便秘，明顯增強小鼠胃腸蠕動功能，具有良好的潤腸通便作用。中醫認為“苦能瀉下”，即苦味的寒涼中藥多有瀉下的作用。研究表明秦艽地上部分龍膽總苷（含58.1%龍膽苦苷）可促進胃排空及小腸推進活動、胃液分泌，增加胃蛋白酶活性及排出量，提示秦艽花潤腸通便作用的藥效物質基礎主要為龍膽苦苷等苦味成分。因此，秦艽花對於便秘及消化不良等胃腸道疾病具有潛在的治療價值。
楊中鐸等采用薄層色譜生物自顯影法初步篩選秦艽花對乙酰膽堿酯酶（Ach E）的抑製活性，再用改良的Ellman法進一步測定抑製率及IC50，發現秦艽花的氯仿部位能夠顯著抑製Ach E活性，其IC50值為28.20 mg·L-1，在終質量濃度為100mg·L-1時其抑製率高達78.27%。黨朵等進一步發現從秦艽花氯仿部位中分離得到的化合物對Ach E活性均具有一定的抑製作用，異葒草苷最小抑製劑量為0.5μg，異牡荊黃素最小抑製劑量為1μg。此外，研究表明秦艽花中黃酮類物質異葒草苷和異牡荊黃素等也表現出較強的Ach E抑製活性。對阿爾茨海默病具有潛在的治療作用。
秦艽花在藏藥、蒙藥中廣泛應用於臨床治療各種疾病。藏藥中的“秦艽花”主要是指來源於麻花秦艽、大葉秦艽的花，其藏藥名分別為“吉解嘎寶”“吉解那寶”。藏醫認為秦艽花能夠清熱解毒、消炎利膽、幹黃水，常用於治療腹瀉、肝熱、膽熱、乳腺熱、白喉、水腫、黃水病等，外用可以消腫愈傷，主治麻風病等。蒙醫則以小秦艽花入藥，其蒙藥名為“呼和-珠勒根-其木格”，具有清熱解毒、止咳祛痰的功效，常用於肺熱咳嗽、咽喉腫痛、音啞、關節疼痛、肝膽熱、扁桃腺炎、發症、黃水瘡和丹毒等症的治療。秦艽花在傳統藏、蒙藥複方中應用廣泛，如十三味榜嘎散、二十五味獐牙菜丸等（見表6），其中藏藥驗方十三味榜嘎散還被《中國藥典》收錄。
在現代臨床醫師及醫藥學者的不斷實踐和不懈努力下，發現秦艽花還具有一些新的應用價值。據報道青海省海南州藏醫院有一臨床經驗方秦紫消癖丸，由秦艽花等5味藥材組成，具有調補衝任、化痰軟堅、祛瘀散結等功效，主要用於乳腺增生症的治療。同時劉海龍等發現含秦艽花等7味藥的藥物組合物也具有很好的治療乳腺增生的功效。羅興貴則根據中醫治療十二指腸潰瘍的認識機製製備了一種可有效治療十二指腸潰瘍的含秦艽花的湯劑藥物。索朗次仁等發現一種含秦艽花組合藥物具有顯著的祛風除濕、消腫止痛作用，可用於治療骨關節病。李寶才等製備了一種含48%麻花秦艽花揮發油的中藥複方噴劑，能有效治療慢性鼻炎、急性鼻炎、鼻竇炎等鼻病。此外，傲特根其木格等蒙醫用含秦艽花等18味藥組成的藥浴（稱為胡日伯西阿日山）治療蕁麻疹，具有獨特的療效。
現階段研究表明秦艽組植物花中主要含有環烯醚萜苷、黃酮類以及三萜類成分。在2020年版《中國藥典》一部中，規定秦艽幹燥根含龍膽苦苷和馬錢苷酸的總量不得少於2.5%，但多項研究表明秦艽、麻花秦艽、粗莖秦艽、西藏秦艽與川西秦艽等花中這兩種成分總量均高於藥典標準。迄今，秦艽被確定為三級重點保護野生藥材已有30餘年，但野生秦艽資源並未得到合理利用與保護，甚至變得更加緊缺，資源狀況岌岌可危。秦艽花或許可替代秦艽根作為藥用部位使用，這將有助於對野生秦艽資源的保護與合理利用。
現代藥理研究表明，秦艽花具有抗炎鎮痛、抗氧化、潤腸通便的作用以及AchE抑製活性，其中抗炎鎮痛作用的物質基礎主要為環烯醚萜苷類成分，抗氧化作用物質基礎則主要為黃酮類成分，而潤腸通便作用主要歸功於其龍膽苦苷等苦味成分。秦艽花的抗炎功效確切，主要與阻斷NF-κB信號通路，減少促炎細胞因子釋放有關，這為臨床上藏醫廣泛采用秦艽花來治療胃腸炎、肝炎、膽囊炎等炎症提供了強有力的理論支持。
然而，目前對秦艽花化學成分以及藥理作用的研究仍處於初步階段，還存在諸多不足。強永在等采用係統預試法定性檢測到秦艽花中含有皂苷、生物堿類成分，但目前並沒有相關單體化合物的報道。秦艽根中還含有木脂素類化合物，而其花中尚未見報道；秦艽根的藥理作用目前也已經較為明確，但對其機製還知之甚少。因此，鑒於秦艽花也和其根一樣含有豐富的環烯醚萜苷類等活性成分以及在藏藥、蒙藥中廣泛的臨床應用，未來可從以下幾方麵進行研究：①進一步深入研究各種秦艽花的化學成分；②比較秦艽花與其根中主要活性成分的含量差異；③深入探討秦艽花的藥理作用及其分子機製；④平行比較秦艽花與其根的藥效差異等，為秦艽花的臨床應用以及資源的合理利用與開發提供理論依據。
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