2.2 中性繪圖分析

芒果葉綠體基因組GC12的芒果密码取值範圍在0.33～0.56之間，GC3的叶绿因组取值範圍在0.18～0.32之間，基因全部落在中線對角線上方（圖1）。体基GC12與GC3的使用相關係數0.279（表2），雙尾檢測相關性不顯著，偏好回歸係數（曲線斜率）為0.3544，性分析相關性較弱。芒果密码結合圖1和表2表明芒果葉綠體基因組密碼子第1、叶绿因组2位和第3位堿基之間關聯性不大，体基自然選擇在芒果葉綠體基因組密碼子偏好使用中起主要作用。使用

2.3 ENC-plot繪圖分析

ENC-plot繪圖以ENC比值[（預期ENC值～實際ENC值）/預期ENC值]和ENC比值頻數判斷偏好性影響因素，偏好揭示ENC與GC3s的性分析關係，反映堿基組對密碼子偏好性的芒果密码影響程度。基因坐標點離標準曲線的叶绿因组距離近且數量較多說明偏好性主要受到突變的影響；反之說明偏好性受選擇的影響較大。圖2結合表3顯示60%共33個基因分布在–0.05～0.05之間，体基這33個基因的實際ENC值與預期ENC值接近，與標準曲線的距離較近，分布在–0.05～0.05之外的基因有22個，這22個基因與預期ENC值較遠，在標準曲線較遠的位置。說明芒果基因組密碼子偏好性與GC3的差異有關，突變對芒果葉綠體基因組密碼子偏好性的影響較大。

2.4 PR2-plot繪圖分析

PR2-plot繪圖通過分析密碼子第3位堿基的組成關係，揭示密碼子使用偏好性的影響因素。由圖3可以看出芒果基因在4個區域內分布不均勻，多數分布於平麵圖的左下方。T和C在密碼子第3位出現的頻率較高，G與C、A與T的使用頻率不相等，T的使用頻率高於A，C的使用頻率高於G，嘧啶的使用頻率高於嘌呤，說明突變不是影響芒果密碼子使用偏好性的唯一因素，選擇等其他因素對芒果密碼子使用偏好性也產生一定的影響。

2.5 相對同義密碼子使用度分析

利用codonW軟件對芒果55條基因序列的RSCU值進行計算（表4）。結果顯示RSCU＞1的密碼子共31個，出現頻率相對較高的是以A（13個）或T（16個）結尾的密碼子，是芒果基因組偏愛；以G（1個）或C（1個）結尾的密碼子出現的頻率較低且RSCU值多小於1，說明這些是基因組非偏好的密碼子。
 

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