手動進樣閥通常有美國某公司生產的高效7725型、7725i型、液相9725型、色谱9725i型進樣閥。高效7725型的液相閥體為不鏽鋼材料製成，i表示這種進樣閥具有觸發同步信號線。色谱每進樣一次，高效自動啟動工作站。液相還有一種電動進樣閥，色谱由電動機控製裝樣狀態，高效每次進樣完畢，液相樣品進入分析柱一定時間後i電動機自動將閥置於裝樣狀態。色谱在實際分析中，高效還可以使用十通閥，液相在線對兩根色譜柱進樣。色谱
現在生產的高效液相色譜儀都可以選配自動進樣器裝置。自動進樣器在程序控製器或計算機控製下可自動完成取樣、進樣、清洗等一係列操作，使用者隻需預先編製程序，將處理好的樣品按順序裝人儲樣裝置即可。自動進樣器的優點是可以提高工作效率，延長有效工時。這一點在梯度洗脫、多殘留分析或方法建立時非常有用；缺點是價格較貴，故障率高，維修困難，樣品瓶需要嚴格的清洗程序。
3、分離係統
高效液相色譜法的分離係統包括保護柱、色譜柱及柱恒溫箱，是高效液相色譜儀的核心部位。保護柱起到保護色譜柱的作用，固體微粒、汙染物首先被保護柱阻擋。保護柱可以定期清洗或更新。當發現有鬼峰或分離度下降時，首先應考慮保護柱是否被汙染。保護柱和色譜柱要配套使用，填料一致，才能真正起到保護作用，即C18色譜柱就要用C18保護柱。通用型的保護柱一般與色譜柱通過管路連接，也有一體式的保護柱套直接同色譜柱對接。色譜柱又是核心的核心，起到對進入色譜係統混合組分分離的作用，即混合組分從色譜柱進口剛進入時，各組分都站在同一條起跑線上，經分離後，從柱尾端洗脫出，逐一進入檢測係統。
4、檢測係統
檢測係統一般由獨立的檢測器或附屬部件構成，其功能是將物理或化學特性轉變為可處理的電信號，如紫外檢測器、熒光檢測器、電化學檢測器、質譜檢測器。
5、計算機控製和數據處理係統(含工作站)
該係統一般由控製硬件和軟件、數據處理軟件包及計算機組成。現代高效液相色譜儀都通過計算機來控製或進行數據處理。除標準化的要求以外，不同的生產廠家開發出各自的數據處理或工作站軟件，通用性較差。數據處理軟件一般隻有數據采集和處理、編製並打印報告的功能，如國產軟件N2000。工作站軟件除具備前者功能外，還有設置儀器分析參數、操縱控製儀器設備及複雜的後處理功能，如某公司的Empower3、AgiIentHPLC化學工作站軟件等。現代大型工作站軟件包都可以根據儀器不同配置進行安裝設置，且具有遠程控製功能。計算機與儀器的通信已逐步采用了以太網卡連接，這樣成本低，通用性更強。
二、流動相和固定相
(一)流動相
流動相是影響分離的一個重要調節因素。一種理想的液相色譜流動相溶劑應具有低黏度、檢測器兼容性好、容易回收、低毒等特性。為了獲得較好的分離和選擇性，流動相常采用改性劑，農藥殘留分析應用較多的改性劑有甲酸、乙酸、甲酸銨、乙酸銨等。沒有揮發性的改性劑不能用於質譜、蒸發光散射等檢測器。反相離子對色譜法是分析工作中一項實用技術。
反相高效液相色譜法采用的流動相多為乙腈、甲醇配合水。一般情況下乙腈一水體係能夠滿足多數樣品的分離要求，但甲醇在農藥殘留分析中也是極為重要的洗脫劑。乙腈的特性是黏度低、色譜峰形好，可在較短波長下使用，係統的壓力約為同比例的甲醇的1／2，噪聲小。但乙腈的價格較甲醇約貴10倍。
在分析過程中，有時需要在保持流動相強度和極性不變的情況下，通過采用不同的溶劑來改變選擇性，從而獲得滿意分離。
正相高效液相色譜法流動相常以己烷作基礎溶劑。當洗脫極性較強的組分時，用二氯甲烷、四氫呋喃來調節極性。
對常用流動相的要求：現在能夠購買到大多數HPLC級、PR級的溶劑用於農藥殘留分析，實驗室已很少自行處理製備溶劑。流動相中許多溶劑都有一定毒性，在試驗過程中，注意采取防護措施，譬如具有良好的通風設施並能正常工作。
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